En 1930, por decreto de ley, se integra a las funciones del entonces Instituto Médico Legal, la creación y conservación de un museo que contenga piezas anatómicas y preparaciones para la enseñanza de la Medicina Legal. Dicho museo comienza a concretarse en 1946 con la contratación del Dr. Tomás Tobar, quién desarrolló la colección docente que conformó el museo original por décadas, convirtiéndose en uno de los primeros museos en América dedicados a esta temática. Tras el cierre temporal del museo, se retomó su labor, pero con un carácter itinerante y con un fin de difusión patrimonial.

Desde enero del 2022, el Museo Instituto Médico Legal Dr. Carlos Ybar, reabre sus puertas al interior de las dependencias de la sede La Paz del Servicio Médico Legal, mediante una sala de exhibición que alberga historia de la construcción del edificio patrimonial de La Paz, objetos representativos de la historia de la institución, como del quehacer forense, además de parte de la colección docente del museo original. Como complemento a la sala de exhibición, el público podrá acceder a la sala de lectura, la cual resguarda literatura histórica y actual, especializada en distintas disciplinas de las Ciencias Forenses y la Medicina Legal.