El museo Cardenal Jorge Medina Estévez se crea el año 2000, junto a la construcción de la Cruz del tercer Milenio , con motivo de la celebración de la llegada de Jesús a la tierra, atesora la memoria histórica de las obras, que duraron diez meses, y en el se guarda el patrimonio religioso y cultural del Monumento, conformado por los obsequios de los Pontífices y Cardenales del Tercer Milenio, entre los que se cuentan: vestimentas, ornamentos litúrgicos, publicaciones, colecciones fotográficas, medallas conmemorativas donadas por las diversas autoridades eclesiásticas que han visitado este Monumento de Fe, ubicado a 157 metros sobre el nivel del mar, en la cúspide del Cerro "El Vigía, en la Parte Alta de la Comuna de Coquimbo . El museo fue bendecido el dia 29 de Agosto del año 2001, por SEReverendisima Monseñor Manuel Donoso D, ante la presencia de Monseñor Bernardiono Piñera, de Monseñor Luis Gleisner W entre otros

El impulsor de la implementación del Museo fue el Cardenal Jorge Arturo Medina Estévez, Cardenal chileno que aportó los primeros objetos religiosos y se transformó en el embajador de la Cruz y de su museo, logrando sensibilizar a varios de los altos jerarcas de la Iglesia católica que entregaron importantes obsequios que se guardan en el, tales como el Trono Papal de SS Juan Pablo II, Casulla Pontificia , Solideo Papal autografiado por el Pontífice Romano, Copon y Cáliz de los Angeles, piezas de plata sólida con baño de oro donados por Su Santidad Juan Pablo II, Mitra usada por el Santo Padre y donada al museo, Cruz pectoral, Solideo Cardenalicio, y Anillo Cardenalicio donados por suEminencia Reverendisima Joseph Ratzinger siendo Cardenal y Solideo y Estola Papal de SS Benedicto XVI en su condición de representante de Cristo en la tierra

El horario de funcionamiento del museo es de lunes a domingo durante todo el año yen temporada alta recibe la visita de aproximadamente 1500 personas por día con un total de aproximadamente 200.000 personas en el año