El museo Cardenal Jorge Medina Estévez se crea el año 2.000, junto a la construcción de la Cruz del tercer Milenio, con motivo de la celebración de la llegada de Jesús a la tierra, atesora la memoria histórica de las obras, que duraron diez meses, y en el se guarda el patrimonio religioso y cultural del Monumento, conformado por los obsequios de los Pontífices y Cardenales del Tercer Milenio, entre los que se cuentan: vestimentas, ornamentos litúrgicos, publicaciones, colecciones fotográficas, medallas conmemorativas donadas por las diversas autoridades eclesiásticas que han visitado este Monumento de Fe, ubicado a 157 metros sobre el nivel del mar, en la cúspide del Cerro "El Vigía", en la Parte Alta de la Comuna de Coquimbo.

El museo fue bendecido el día 29 de Agosto del año 2001, por su Reverendísima Monseñor Manuel Donoso D, ante la presencia del Monseñor Bernardino Piñera, Monseñor Luis Gleisner W, entre otros

El impulsor de la implementación del Museo fue el Cardenal Jorge Arturo Medina Estévez, Cardenal chileno que aportó los primeros objetos religiosos y se transformó en el embajador de la Cruz y de su museo, logrando sensibilizar a varios de los altos jerarcas de la Iglesia católica que entregaron importantes obsequios que se guardan en el, tales como el Trono Papal de SS Juan Pablo II, Casulla Pontificia , Solideo Papal autografiado por el Pontífice Romano, Copon y Cáliz de los Angeles, piezas de plata sólida con baño de oro donados por Su Santidad Juan Pablo II, Mitra usada por el Santo Padre y donada al museo, Cruz pectoral, Solideo Cardenalicio, y Anillo Cardenalicio donados por suEminencia Reverendisima Joseph Ratzinger siendo Cardenal y Solideo y Estola Papal de SS Benedicto XVI en su condición de representante de Cristo en la tierra

El horario de funcionamiento del museo es de lunes a domingo durante todo el año yen temporada alta recibe la visita de aproximadamente 1.500 personas por día con un total de aproximadamente 200.000 personas en el año