El Museo de Anatomía de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile surge en 1833 cuando se traspasa la Escuela de Medicina desde el Instituto Nacional a la Universidad naciente. Las primeras piezas de origen cadavérico datan de la cátedra del Profesor Augusto Orrego Luco, y se guardaban en frascos de alcohol en la pieza destinada inicialmente para los profesores en la Escuela ubicada en calle San Francisco, año 1850.. En 1846 es adquirida una estatua anatómica que representa a un hombre de papel maché, de origen francés hecha por el médico Luis T. Jêrome Auzoux y que pasa a ser la pieza documentada más antigua y emblemática del Museo. Posteriormente la colección se va ampliando a medida que se disecaban nuevos preparados guardados en el llamado gabinete anatómico. Al construirse la nueva Escuela de Medicina en la calle Independencia en 1889, el gabinete anatómico se traslada a ese espacio, de donde se traslada a la calle Zañartu formalmente cuando se inaugura el Instituto de Anatomía en el año 1922, designándose entonces como Director del Museo, a un profesor que debía ser médico de la Universidad de Chile según estatuto, cuya función es preservar, conservar, reparar, conseguir piezas y elaborarlas con el fin de aumentar el contenido de dicho Museo.

El Prof. Gustavo Jirón Latapiat trae desde Europa nuevas técnicas de conservación, agregándose a la glicerinización, las técnicas de diafanizado y repleción con corrosión, lo que aumenta, junto a la recolección de fetos malformados enviados desde las maternidades del país, la colección de dicho Museo. Las láminas anatómicas utilizadas en docencia, luego serían declaradas Monumento Nacional, engrosando esta colección. Pasan los años y desde el subterráneo se traslada al 2ºpiso, llamándose ahora Museo de Anatomía Humberto Vargas Olmedo, ex docente y Director del Instituto, por contribuir con los muebles a este Museo. Actualmente recibe más de 15.000 visitas guiadas por docentes y funcionarios.