Fundado el año 1878, por Eduardo de la Barra en el Liceo de Hombres de Valparaíso, es el primer museo regional y el segundo más antiguo de Chile. Instalado desde 1988 en dependencias del Palacio Lyon, Monumento Nacional (1979).
El museo es Deposito Legal en la región, salvaguardando su patrimonio natural y cultural. Además cuenta con variadas colecciones de piezas museológicas pertenecientes a las ciencias naturales, historia, arqueología y antropología, estimadas en 80.000 objetos.
La renovación museográfica de su exposición permanente se realiza el 2014, presentando en la actualidad 764 piezas en exhibición pertenecientes a las colecciones taxidermizadas, húmedas, plastinadas y replicas hiperrealistas.