El Museo es una iniciativa que surgió en el Instituto de Zoología de la Facultad de Ciencias de la Universidad Austral de Chile, bajo la Dirección del Dr. Roberto Schlatter, subvencionada por el Fondo de Innovación y Capacitación (FIC-R 2009) del Gobierno Regional de la Región de Los Ríos.

Pertenece y se encuentra Inserto en la Escuela Rural La Aguada, ubicada al sureste de la comuna de Corral. Para iniciar el trabajo museal, se realizaron visitas a las escuelas para constatar la situación en que se encontraban los diversos objetos y elementos que se conservaban en colecciones de vertebrados, invertebrados, flora y objetos culturales. Para el trabajo con las colecciones se establecieron en conjunto con los profesores y estudiantes del colegio, metodologías de investigación para documentar, registrar y archivar cada uno de los objetos.