El MIM pertenece a la Fundación Tiempos Nuevos de la Dirección Sociocultural de la Presidencia de la República.
Sus orígenes remontan a 1995, año en que la entonces primera dama Marta Larraechea creó la Fundación Tiempos Nuevos para el fomento de actividades y manifestaciones del arte y la cultura, y la creación de espacios que contribuyan a la formación integral de las personas, privilegiando la participación de niñas, niños, jóvenes y familias de los sectores de menores ingresos.
El MIM, primer museo interactivo de acercamiento a la ciencia del país, fue inaugurado el 4 de marzo de 2000 constituyéndose en un referente de los museos para niños y jóvenes de América Latina.
El MIM desarrolla su labor a través de 3 líneas de acción, las actividades en el Museo, capacitación docente en metodología para la enseñanza de la ciencia y el programa "MIM en tu región", conformado de muestras itinerantes sobre temas científicos, presentadas a lo largo del país.
A la fecha el Museo ha sido visitado por más de 7.000.000 de personas, de las cuales un gran porcentaje lo constituyen niños y jóvenes en edad escolar.
