Con motivo del terremoto del 27 de febrero de 2010, la infraestructura que alberga el Museo San Francisco de Chillán queda en muy precarias condiciones. Al punto que hasta el mismo año 2020 aún falta vidrios en dos de sus salas de exhibición, teniendo varias piezas del museo a casi a la intemperie. Esto, porque el Conjunto Patrimonial Franciscano en Chillán es tan grande, que los esfuerzos se concentraron desde el 2010 hasta el 2018 en rehabilitar la inmensa estructura del Templo.

Por esta razón, desde el año 2018, se comenzó a gestar un nuevo impulso para recuperar los demás espacios patrimoniales franciscanos de Chillán, entre ellos el Museo. Así, una vez inaugurada la Corporación Patrimonio Franciscano de Chillán, se logró conseguir una subvención municipal para recuperar una de las cuatro salas para ser destinada a espacio de exhibición, la cual fue inaugurada el 18 de octubre del 2019, y se le bautizó como "Sala Menor", donde ya han pasado 4 actividades: exhibición, mediación educativa y doumentales. Además, entre abril de 2018 y noviembre de 2019, junto al Magister de Patrimonio de la UC y la Escuela Taller Patio Franciscano, se pudo realizar un primer inventario en excel, con fotografías, llegando a contar más de 400 objetos del Museo (sin contar el Archivo histórico, el cual fue dado en Comodato hasta el año 2023 a la U. Talca, donde es resguardado por el Centro de Documentación Patrimonial de esa Universidad)