Luego del terremoto del 27 de febrero de 2010, la infraestructura que alberga el Museo San Francisco de Chillán queda en precarias condiciones. El Conjunto Patrimonial Franciscano en Chillán es tan grande, que los esfuerzos se concentraron desde el 2010 hasta el 2018 en rehabilitar la inmensa estructura del Templo.

Por esta razón, desde el año 2018, se comenzó a gestar un nuevo impulso para recuperar los demás espacios patrimoniales franciscanos de Chillán, entre ellos el Museo. Se inaugura la Corporación Patrimonio Franciscano de Chillán, la cual logro conseguir una subvención municipal para recuperar una de las cuatro salas para ser destinada a espacio de exhibición, la cual fue inaugurada el 18 de octubre del 2019, y se le bautizó como "Sala Menor", donde se realizaron cuatro actividades: exhibición, mediación educativa y documentales.

Entre abril de 2018 y noviembre de 2019, junto al Magister de Patrimonio de la UC y la Escuela Taller Patio Franciscano, se pudo realizar un primer inventario en Excel, con fotografías, llegando a contar más de 400 objetos del Museo.

Desde la creación de la sala menor y la realización del inventario en Excel el año 2019 hasta 2025 el museo no siguió funcionado. En agosto de 2025 se retoman los esfuerzo para reabrir el museo, por parte de la comunidad Franciscana liderados por un licenciado en Antropología de la UACH. El 18 de octubre de 2025 se realizó la reapertura del museo en la cual participaron más 80 personas. Desde agosto de 2025 hasta la fecha actual de febrero de 2026 el museo ha logrado múltiples hitos como participar en Noche de museos en la cual asistieron 150 personas, museos en verano y día de los patrimonios en verano, actividad en la cual participaron un total de 600 personas.