La Ballenera de Quintay fue construida en 1943, cerró sus operaciones en 1967. En 1997 la Fundación Quintay obtuvo del Ministerio de Defensa la Concesión de parte del lugar y dio inicio a la recuperación de sus ruinas y creación de un museo. Múltiples actividades de exposiciones y eventos sobre la protección de los cetáceos y los mares. Presentación en este lugar por las máximas autoridades nacionales de la Creación de Parques Marinos, de la Declaración del mar de Chile como santuario de los cetáceos y eventos sobre políticas públicas de protección de la costa y el mar de Chile. El año 2015 la ballenera fue declarada Monumento Historico por el Ministerio de la Cultura. Mantenemos una estrecha relación con organizaciones sociales de Quintay y el Sindicato de Pescadores. El año 2018 instalamos en nuestra sala principal la exposición "Cetáceos de la Tierra al Mar" creada por el Museo de Historia Natural de Santiago, expuesta en sus salas y posteriormente en diversas ciudades. Nuestro Museo es su hogar definitivo. El año 2021 obtuvimos un financiamiento del FMIM, Ministerio de las Culturas, las Arts y el Patrimonio para mejoramiento de parte de nuestras exhibiciones.