El Museo Archipipelago de Chiloé nace como una necesidad en poner en valor la colección que administra el CECPAN como Tenedores de Fauna Silvestre, así como potenciar los espacios de trabajo y colaboración con actores locales en temáticas de educación e interpretación ambiental.

Desde el 2018 cuando se creo el museo, parte de la colección institucional fue trasladada al Centro de Información Ambiental de Caulín que el CECPAN gestiona junto con la Escuela Luis Segovia Ross desde el 2014.

Actualmente el museo se encuentra en proceso de mejorar las dependencias donde se encuentran sus colecciones, así como el equipamiento de las mismas. También se están fortaleciendo los mecanismos de trabajo colaborativo con la comunidad para expandir el impacto del museo a otras localidades, replicando lo que ocurre actualmente con en Caulín.