La Sociedad de Historia y Arqueología de Aconcagua fue fundada el 7 de diciembre de 1945 con el objetivo de difundir la historia local y fundar un museo en la ciudad de San Felipe.
El Museo de la Sociedad de Historia y Arqueología de Aconcagua fue inaugurado el 3 de agosto de 1959. En un principio, funcionó en dependencias del Regimiento Yungay, luego en la Casa de la Cultura, y actualmente se encuentra en una casa que la Municipalidad de San Felipe arrienda para el museo. En la inauguración del museo, se donaron piezas arqueológicas provenientes de excavaciones efectuadas por el joven estudiante Lautaro Núñez Atencio en el sector de La Troya y Bellavista. También realizaron excavaciones en la zona los arqueólogos Mario Orellana Rodríguez y Bernardo Berdichewski. De estas excavaciones, los arqueólogos donaron piezas de la cultura Aconcagua, las cuales se encuentran contenidas en el museo.
