Su origen se vincula a iniciativas institucionales orientadas a la preservación, valoración y difusión de la memoria histórica de la comunidad pedagógica asociada al Instituto Pedagógico. En este contexto, durante el año 2009 se impulsó la creación de un espacio destinado al resguardo sistemático del patrimonio histórico y cultural de la institución, iniciativa promovida por la psicopedagoga Lucía Godoy Gutiérrez, quien desarrolló una propuesta orientada a la recuperación, conservación y puesta en valor de documentos, objetos y testimonios representativos de la trayectoria histórica del Instituto Pedagógico y de su aporte a la formación docente en Chile.

Paralelamente a la conformación del espacio museográfico, se desarrolló un proceso de investigación histórica y recopilación documental destinado a sustentar y contextualizar la iniciativa patrimonial. Este trabajo contempló la revisión de archivos, registros institucionales, material fotográfico y testimonios vinculados a la historia del Instituto Pedagógico, contribuyendo a la reconstrucción y difusión de su legado histórico y educativo.

La iniciativa fue acogida por la Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación (UMCE), permitiendo avanzar en la consolidación de un espacio de carácter museográfico y patrimonial orientado al fortalecimiento de la memoria histórica universitaria y educativa. Como resultado de este proceso, en el año 2010 se inauguró la Muestra Histórica del Instituto Pedagógico y se constituyó la Coordinación de Patrimonio Histórico Cultural de la universidad, instancia desde la cual se han desarrollado acciones vinculadas a la conservación, investigación y difusión del patrimonio educativo.

Desde entonces, el museo ha consolidado su labor como un espacio dedicado al resguardo y difusión del patrimonio histórico-educativo nacional, promoviendo la valoración de la formación docente y del legado del Instituto Pedagógico en el desarrollo de la educación pública chilena.