Desde el año 1953 se encuentra ubicada en la ciudad de Villarrica, la Sede Regional Villarrica de la Pontificia Universidad Católica de Chile. Las primeras ideas de contar con un museo son del director de aquel tiempo, Sacerdote Paul Wevering. Hacia el año 1980, luego de comentar una publicación emanada en un periódico, que en uno de sus párrafos señalaba que la cultura mapuche era pobre en cultura y en especial en cuentos, leyendas y tradiciones.

Para lograrlo, se inicia una tarea de recolección de objetos, los cuales se obtuvieron mediante donaciones o compra de piezas. Se destinó un espacio para un "museo" donde se construyeron vitrinas para la exhibición provisoria de las piezas.

Teniendo en cuenta el valor de las piezas, más allá del material sino también de la importancia de contar con un museo profesional dentro de la Sede universitaria, se consigue apoyo de Fundación Andes, fue posible trabajar en la clasificación, catalogación y guión museográfico de una sala de exhibición.

Para llevar a cabo el proyecto se forma un equipo de trabajo compuesto por académicos de diferentes áreas, antropólogos, profesores de historia y estudiantes. Además se invitó a especialistas en museografía del Museo Maurice van de Maele de la Universidad Austral de Chile y una asesora de la Dirección de Archivos, Bibliotecas y Museos (DIBAM). Se realizaron dos líneas de acción: la puesta en valor museográfico de las piezas de la colección y una investigación histórica de la zona lacustre de Villarrica

Entre los años 2002 y 2018 se trabajó en el desarrollo del área de patrimonio, memoria histórica y educación; diseñando, confeccionando materiales y actividades educativas pertinentes a la muestra y al público visitante. Sin embargo, la muestra temporal llevaba 16 años sin cambios.

En el año 2018 fue adjudicado el fondo Mejoramiento Integral de Museos para remodelación de la sala de exhibición del museo.