El museo se crea al alero de la Corporación Museo del Salitre institución creada y formada en 1997 por ex habitantes de las oficinas salitreras del norte de Chile. El proceso de gestación se inicia en enero de 2002 cuando la Corporación adquiere las Salitreras Humberstone y Santa Laura y decide poner en marcha un proceso de restauración de ambos monumentos con la idea central de convertirlos en museos de sitio.