El museo fue fundado en el año 1893 por los Misioneros Salesianos, debido al interés mundial por conocer las variadas facetas de la Patagonia Austral.
Su primer Director fue el Padre "Maggiorino Borgatello" del cual lleva el nombre.
La riqueza patrimonial que conserva y expone el museo ha hecho que durante los años se haya ido ampliando desde pocos metros cuadrados hasta hoy en dia que cuenta con 1700 m2 para exposiciones, con 4 niveles distribuidos en 3 pisos, siendo el museo en fauna y cultura material e inmaterial de los pueblos originarios más representativo de la Patagonia Austral.
