Los primeros Franciscanos que llegaron a Chile se situaron en el cerro Huelén por muy corto tiempo, pues luego se instalaron en los terrenos que fueron cedidos a Pedro de Valdivia, por petición al Cabildo, para levantar la ermita de la imagen de la Virgen del Socorro, pieza que él mismo trajo en su expedición y a la que le tenía gran devoción. Ya fallecido el fundador de Santiago, el solar fue donado a los franciscanos comprometiéndose ante el Cabildo a levantar una "fábrica arquitectónica" y a colocar en el Altar Mayor la imagen de la Virgen del Socorro, quien es patrona de la ciudad desde 1645.

La iglesia de San Francisco es una de las pocas obras arquitectónicas del siglo XVI que se conserva hasta nuestros días, la cual comienza a ser construida en 1572, siendo testigo fiel de nuestra historia. En ella se ve un perfecto artesonado que adorna el cielo de la nave central del templo, además de conformar el techo, contribuye a la solidez de la estructura y que a tantos terremotos le ha permitido sobrevivir. Se imponen, asimismo, en contraste con este artesonado, los enormes muros blancos de piedra, denotando todo el esplendor colonial de la iglesia.

En 1969 se crea el Museo de Arte Colonial de San Francisco el cual ocupa las dependencias del primer piso del convento, donde se conserva hasta el día de hoy la colección más importante de arte colonial de nuestro país.