El museo nace en 1964 como museo histórico, bajo dependencia de la Universidad del Norte de Antofagasta. Luego de un siniestro en 1982, es cerrado al uso público y en 1984, mediante un convenio de comodato, sus colecciones son traspasadas a la DIBAM, quien lo inaugura en el edificio de la Ex Gobernación Marítima de la ciudad (monumento nacional). Posteriormente es traslado al edificio de la Ex Aduana (monumento nacional), donde se encuentran su exhibición hasta la actualidad.