El Museo Marítimo Nacional constituye el único museo de carácter nacional situado fuera de la ciudad de Santiago.

Desde 1988 se encuentra en dependencias de la antigua Escuela Naval (inaugurada en 1893), cuyo edificio es Monumento Nacional de Chile.

La historia del museo comienza en 1915 como Museo Naval de la Armada de Chile, a bordo del monitor Huáscar, unidad de la Armada veterana de la Guerra del Pacífico (1879-1884), que participó en las páginas más heroicas de nuestra historia naval.

A partir de 1917, el museo funcionó en distintas dependencias hasta 1988, cuando se inauguró como Museo Naval y Marítimo de Valparaíso en las actuales dependencias.

El 15 de marzo de 2011 se dispuso que el Museo Naval y Marítimo de Valparaíso pasara a denominarse Museo Marítimo Nacional.