El Museo fue creado con fecha 04 de Noviembre de 1994, comenzando a funcionar con fecha 10 de Enero de 1995, en su actual edificio histórico que fuera antiguamente de la Comandancia en Jefe del Apostadero Naval de Magallanes, construido durante los años 1908 y 1910 por el arquitecto Miguel Bonifetti.
A la fecha de su inauguración, el Museo contaba con las Salas de Historia Naval; Arturo Prat, Intereses Marítimos Regional y Videoteca, más un salón náutico. Durante el año 1998, se implementó una nueva Sala en la que se muestra la historia del antiguo astillero-varadero de los Hermanos Bonacic.
