La Fundación Museo de las Abejas surge a partir del trabajo artístico y editorial iniciado en 2016 con la publicación del libro Diario de una Reina, proyecto financiado por FONDART que abrió una línea de divulgación sobre apicultura y, posteriormente, sobre abejas silvestres. La visita al Museo de la Abeja de Radovljica, en Eslovenia, y el encuentro con especialistas nacionales ampliaron el enfoque hacia la biodiversidad y la conservación de polinizadores nativos.

En 2018 se adquiere la Casona de Arturo Prat con Comercio en Vichuquén, inmueble patrimonial que se proyecta como sede del museo. Ese mismo período se conforma el equipo fundador y se constituye formalmente la fundación. Desde entonces, el proceso ha estado marcado por etapas de gestión, excavaciones arqueológicas, obtención de fondos públicos, entre ellos Ciencia Pública y el desarrollo de una propuesta museográfica centrada en ciencia, territorio y arte.

Durante la pandemia se realizaron trabajos de investigación y resguardo patrimonial que retrasaron la construcción, pero permitieron consolidar redes académicas y culturales. Entre 2022 y 2023 se concreta la restauración de la casona y el diseño de la muestra principal, además de una itinerancia por establecimientos educacionales, universidades y centros culturales de distintas regiones. En enero del 2024 abre sus puertas al público con la instalación de una parte de la museografía,

Las colecciones del museo integran fotografía, ilustración científica, acuarelas, material editorial, registros audiovisuales y contenidos educativos sobre abejas silvestres, apicultura y polinización. El espacio combina exposición permanente, muestras temporales y un jardín demostrativo con flora asociada a polinizadores.