El museo se ubica en el predio familiar Fundo Aguas Bonitas, rodeado por un estero que desemboca en el Santuario de la Naturaleza del río Cruces (sitio Ramsar). Abarca un área de dos hectáreas que incluye la casa patronal, construida alrededor de 1920, un sendero interpretativo y áreas destinadas a exposición y actividades culturales y educativas.

Su origen se remonta al año 2020, cuando se construye el sendero con apoyo de fondos CORFO, con el objetivo de generar una experiencia de turismo rural vinculada a la vida campesina y al entorno natural del territorio.

Tras la pandemia surgió en la comunidad local la necesidad de generar espacios de encuentro, reflexión y reactivación de las organizaciones sociales. En respuesta, el espacio Aguas Bonitas se abrió a la comunidad, consolidándose como un lugar de reunión, intercambio cultural y puesta en valor del patrimonio local.

En 2021 se inaugura oficialmente el Museo Comunitario Aguas Bonitas, presentando su primera colección compuesta por maquinaria agrícola y herramientas de trabajo campesino provenientes de colecciones familiares de la comunidad. Posteriormente, entre los años 2023 y 2025, la colección se amplía con objetos domésticos antiguos, elementos de cocina tradicional, vestimenta de época y otros objetos que reflejan la vida cotidiana rural.

Paralelamente, se ha desarrollado un proceso continuo de reforestación con flora nativa en el sendero interpretativo, fortaleciendo el vínculo entre patrimonio cultural y natural.

El museo es gestionado y administrado por las organizaciones comunitarias del sector: Junta de Vecinos de Cuyán, agrupación Ruta del Castillo, APR Cuyán Quilo Quilo y agrupación Apromade. El espacio funciona como un lugar de encuentro para la comunidad, desarrollando talleres, visitas guiadas, mediación con establecimientos educacionales, encuentros culturales y actividades de difusión que promueven la memoria campesina, las tradiciones y la identidad cultural del valle del Río Cruces.