La cripta del Libertador General Bernardo O'Higgins R, surge a partir de una Ley aprobada en 1972 por el Congreso Nacional. El proyecto se concretó en agosto de 1979, con el traslado de los restos del prócer y su monumento funerario, desde el cementerio general de Santiago al complejo monumental "Altar de la Patria". En el año 2004, en el marco de las obras de conmemoración del bicentenario de Chile, se procedió a la remodelación de la Cripta. Las obras concluyeron en el año 2006, siendo reinaugurado este espacio y abierto al público, a partir del 10 de marzo del mismo año. A partir de esta remodelación, se incorporó una muestra museográfica del período independentista, de la vida y obra de O'Higgins y de los inicios de la República. También se incluyeron en el zócalo de acceso a la Cripta, dos tumbas de soldados chilenos desconocidos de la Guerra del Pacífico.