El MHAMA, emplazado en el emblemático Morro de Arica, tiene su origen en la necesidad de preservar y conmemorar la heroica batalla del "Asalto y Toma del Morro de Arica" del 7 de junio de 1880, un enfrentamiento decisivo durante la Guerra del Pacífico que definió el control del puerto de Arica. La creación del museo fue impulsado por el deseo de mantener viva la memoria de este evento histórico y educar a las futuras generaciones sobre su importancia.

Desde su inauguración, el museo se ha dedicado a la conservación y exhibición de una vasta colección de objetos militares, incluyendo armas, uniformes y fotografías de la época. Estos artefactos no solo documentan la batalla, sino también la vida y los sacrificios de aquellos que participaron en ella.

El museo ha pasado por varias etapas de desarrollo y renovación. En sus primeros años, las exhibiciones eran modestas, pero con el tiempo, el espacio se ha ampliado y modernizado para ofrecer una experiencia más educativa. Se ha incorporado la narrativa audiovisual y charlas que permiten a los visitantes entender mejor el contexto histórico y la importancia de los objetos expuestos.

Uno de los hitos más significativos en la historia del museo fue la celebración del centenario de la batalla del Morro de Arica en 1980, un evento que atrajo la atención nacional y resaltó la relevancia del museo como guardián de la memoria histórica.

En la actualidad, el MHAMA no solo se enfoca en la batalla ocurrida el 7 de junio de 1880, sino que también aborda otros aspectos de la historia militar de Chile. Las exhibiciones se han modernizado para incluir la evolución de la batalla, las estrategias de combate y las historias personales de los soldados.

El museo también ha ampliado su alcance educativo, ofreciendo visitas guiadas y charlas a escuelas involucrando a un público más amplio, reforzando su compromiso con la preservación de la historia para asegurar que el legado de la batalla del Morro de Arica perdure en el tiempo.