El 22 de marzo de 1966, un grupo de vecinos amantes de la cultura y las tradiciones de Chiloé se unen para dar vida a la Agrupación de Amigos del Museo, fundando en esa fecha el Museo de Achao.
El Museo funcionó en diversas dependencias, situación que se prolongó hasta el año 1999, año en que el Directorio y los integrantes de la Agrupación, solicitan dependencias municipales, para ubicarse definitivamente, petición acogida favorablemente por el Alcalde y el Concejo Municipal de la época. Así se realiza la reapertura formal del nuevo espacio, el 18 de febrero de 2000, en calle Delicias con Amunátegui, lugar donde se ubica actualmente. Sigue siendo administrado por la Agrupación Amigos del Museo.
