Este museo surgió por iniciativa del doctor Jaime Pereda Tapiol, embriólogo, profesor titular y coordinador de la Unidad en Embriología Humana de la Escuela de Medicina de la Universidad de Santiago de Chile, como una propuesta de extensión académica orientada tanto a estudiantes como a público en general.

Décadas atrás, el doctor Jaime pereda trabajaba en el Hospital Barros Luco Trudeau. En este lugar observó que la mayoría de los abortos espontáneos y embarazos ectópicos tubarios eran derivados directamente al crematorio, puesto que los cuerpos no eran reclamados por las madres o por su familia. De esta forma, cada una de estas pérdidas gestacionales era invisibilizada y pasaba desapercibida, ya que eran tratadas como cualquier otro desecho biológico hospitalario.

Debido a esto es que decidió, entre 1976 y 1990, recolectar aquellas pérdidas y conservarlas, con apoyo del personal del hospital y consentimiento oral de las pacientes, dándoles de esta forma un valor y un sentido a sus cortas vidas.

Sin embargo, este proyecto no se concretó hasta el año 2010, cuando el doctor Pereda donó esta colección a la Universidad de Santiago de Chile para su uso en docencia, investigación y vinculación con el medio, y cuando se inició la construcción de un recinto para albergar la exposición, lo cual se logró gracias a la donación de Casas Tomé Ltda. Desde el año 2012, año en que el museo abrió sus puertas al público, este recinto, ubicado en el sector Norte del Campus universitario, ha sido el lugar de residencia de estas muestras hasta el día de hoy.