Entre 1976 y 1990, el Dr. Jaime Pereda recolectó fetos y embriones humanos, producto de abortos espontáneos y embarazos ectópicos tubarios ocurridos en el Hospital Barros Luco Trudeau. De esta forma evitó que este material fuera desechado como un desperdicio biológico y buscó una forma de darle un sentido a estas pérdidas. En el año 1992, se realizó una exposición en la Universidad de Chile en la que se evidenció una gran cantidad de mitos y creencias erróneas respecto a la vida intrauterina, por lo que la idea de generar un espacio museográfico fue instalada en la mente del Dr. Pereda.Con una visión centrada en la investigación, docencia y extensión, en el año 2010, el Dr. Jaime Pereda donó a la Universidad de Santiago de Chile la colección de material embrio-fetológico recolectada décadas atrás, iniciándose así la construcción del Museo. El espacio físico actual fue un aporte generoso de Casas Tomé Ltda. En los siguientes dos años, el Dr. Pereda, junto al apoyo de docentes, estudiantes y personal del laboratorio de Embriología Humana, dieron forma al actual Museo de Embrio-Fetología, abriendo sus puertas en el año 2012, primeramente, por medio de exposiciones en colegios y luego también recibiendo visitas en el museo, dando origen a las dos actividades más solicitadas por las instituciones interesadas: Museo móvil y Visitas guiadas, respectivamente. En el año 2018, se habilitó la modalidad de "museo abierto", en donde cualquier persona puede visitar la exposición, manteniéndose estas tres modalidades de atención vigentes a la fecha.